В 1950 году был подписан приказ по Минсельхозу о создании на базе Барнаульской ГСС Алтайского зонального научно-исследовательского института земледелия и животноводства, которому поручалось решение практически всего круга проблем сельскохозяйственного производства края. В 1956 году он был преобразован в Алтайский научно-исследовательский институт сельского хозяйства (АНИИСХоз), а в 1973 году, в соответствии с Постановлением СМ СССР, разделен на два института – АНИИЗиС (Алтайский научно-исследовательский институт земледелия и селекции сельскохозяйственных культур) и АНИПТИЖ (Алтайский научно-исследовательский и проектно-технологический институт животноводства). В 2003 году институты были объединены под прежним названием (Алтайский НИИСХ), а в 2012 году выделен Алтайский НИИ животноводства и ветеринарии. С января 2006 года к институту присоединена Кулундинская сельскохозяйственная опытная станция (КСХОС).
